日本征服を狙う志々雄を阻止するため京都に辿り着いた剣心は、志々雄一派に立ち向かうが、志々雄は甲鉄艦・煉獄で東京へ攻め入ろうとしていた。志々雄に連れ去られた薫を助けるために剣心は海へ飛び込み、一人岸へ打ち上げられたところを、師匠の比古清十郎に拾われる。今の自分では志々雄を倒せない―――剣心は清十郎に奥義の伝授を懇願する。一方、剣心が生きていると知った志々雄は政府に圧力をかけ、剣心を人斬り時代の暗殺の罪で公開打ち首にするよう命じる。果たして、最大の危機に立たされた剣心は、最狂の敵に打ち勝ち、行方不明の薫と生きて再び会うことができるのか―――？