シーズン2は、変わり果てた街カンドールから始まる。そこでは自由と未来をめぐって、激しい戦いが繰り広げられていた。カンドールはゾッド将軍に支配されていた。ゾッド将軍は、惑星クリプトンを自らの理想とする形に改造するため情け容赦なく改革を断行。その野望の実現を確かなものにするために、宇宙征服も目論んでいた。セグ＝エルは絶望的な状況に直面するが、愛する惑星に希望を取り戻すため、散り散りになっていた反乱グループを再び集結させ、ゾッド将軍を倒そうとする。だが、戦術の対立や味方同士の不和、倫理観の違いによって、セグたちによるクリプトン奪還計画は実現困難な状況に陥る。そしてクリプトンの運命は、よりよい未来のためにどこまでするのか、それぞれがどう決断するかに委ねられていく。