人里離れた沼に暮らす怪物シュレックのもとに、ある日、邪悪な領主ファークアード卿に追放されたおとぎ話の主人公たちが大勢押し寄せてきた！元通りの平穏な生活を取り戻すため、シュレックはファークアード卿の取引条件を受け入れ、火を吹くドラゴンに囚われたフィオナ姫を救出することに。こうしてロバのドンキーと共に冒険の旅に出たシュレック。ドラゴンを手なずけ、ようやくフィオナ姫を探し出すが、実は彼女には大きな“秘密”があり…