シリーズ生みの親ブライアン・シンガーが製作総指揮を務める『X-MEN』の新TVシリーズが始動！ 新世代ミュータント軍団VS政府の激闘を描くSFサバイバル・アクション！！ X-MENたちが不在となった反ミュータント主義の時代、政府機関でミュータント案件を担当する検察官リードは妻と二人の子供と平穏な日々を送っていた。ある日、弟のアンディの体に異変が起きる･･･。アンディは偉大なミュータント能力を覚醒させたのだった。一方、姉のローレンは既に能力が覚醒していたが、両親に隠していたが、アンディが起した事件をきっかけに明らかとなる。そして、二人は政府機関“センチネル・サービス”から追われ、行き場を失う。リードは戸惑いながらも家族のために、若きミュータントが結成した地下組織に助けを求めるのだった。これをきっかけにX-MENたちの意志を引き継ぐ若きミュータントと反ミュータント政府の激闘が始まる―。