X-ファイル課はすでに閉鎖され、スカリーとモルダーも別々の職場に勤務していた。スカリーは教職を得てバージニア州クアンティコのFBIアカデミーに移り、モルダーは監察関連の内勤に。しかし真実の究明に情熱を燃やすモルダーはアレックス・クライチェック捜査官とコンビを組んで謎の人物ミスターXから新たな情報を収集していた。だが皮肉なことにモルダーが切に求めていた未知との遭遇体験がほかならぬスカリーの身を襲った。この事件がきっかけとなってモルダーとスカリーはついに再会を果たし、これまで以上に強い絆で結ばれることになるのである。