海軍パイロットのトップとして30年以上軍務に服してきたピート･“マーヴェリック”･ミッチェル（トム･クルーズ）は、今もなお勇敢なテストパイロットとして限界に挑み続けている。しかしエリート卒業生グループを訓練するために“トップガン”に戻ったマーヴェリックは、過去の亡霊と向き合うことを強いられ、元パートナーである“グース”の息子ブラッドショー大尉（マイルズ･テーラー）と対峙することに。そして選ばれたパイロットたちが究極の犠牲を求められる特殊任務に挑む時、激しい対立が起こる。