アメリカ大統領直属のエージェントのレオンは、機密情報を握るアントニオ・テイラーを拉致した武装集団の車両を追っていた。だが突如現れた謎の女の妨害に遭い、犯人たちを取り逃がしてしまう。一方、対バイオテロ組織「BSAA」のクリスとジル、そしてアドバイザーのレベッカは、サンフランシスコを中心に起きている、感染経路不明のゾンビ発生事件を担当していた。クレアが勤める「テラセイブ」の調査協力の結果、ウィルスの被害者全員が監獄島・アルカトラズを訪れていたことを知り、クリスたちは島へと向かうが…。