対バイオテロ組織「BSAA」のクリス・レッドフィールドは、国際指名手配犯であるグレン・アリアスを追っていたが目前で逃してしまう。一方、元ラクーン市警「S.T.A.R.S.」の一員レベッカ・チェンバースは、ある不可解な事件の調査に大学教授として携わっていたが、突如研究所が襲撃され、死の危険にさらされてしまう。大統領直轄のエージェント組織「DSO」所属のレオン・Ｓ・ケネディと再会を果たしたクリスは、アリアスの真の目的が「バイオテロ」だと掴み、それを阻止すべく共にニューヨークへと向かうのであった。