イーサン･ハント（トム･クルーズ）とIMFチームは、これまでで最も危険な任務に乗り出す。それは、全人類を脅かす恐ろしい新兵器が悪の手に渡る前に追跡することだ。世界の運命を懸けて、地球を巡る危険なレースが始まる。謎に満ちた全能の敵に直面したイーサンは、自分の使命を果たすことが最も重要だと考えざるを得なくなる。たとえ大切な人々の命を犠牲にすることになっても。