何年も人間社会から隠れて暮らしてきたカメたちは、ヒーローになることでニューヨーカーに愛され普通のティーンエイジャーとして受け入れてもらおうとする。新しい友人であるエイプリル・オニールが謎の犯罪組織と戦う手助けをしてくれるものの、ミュータントの大群により、すぐに手に負えない状況になってしまう。