生まれながらに不思議な能力を持つ少女チャーリー。成長するにつれその能力は覚醒し、チャーリー自身もコントロールできないパワーへと変化していた。父親はその能力を懸命に隠そうとしたが、政府の秘密組織はついにチャーリーの存在に気づき、軍事利用のため捕獲しようとする。逃亡する親子と追跡する工作員。かくしてチャーリーの特殊能力と秘密組織の壮大なバトルが繰り広げられるのだった…。