おもちゃ会社の優れた研究者であるジェマは、子供にとって最高の友達であり、親にとって最大の協力者となるようにプログラムした、まるで人間のようなAI人形＜M3GAN（ミーガン）＞を開発。ある日、両親を亡くし孤児となった姪のケイディを引き取ることになったジェマは、ミーガンに対し「あらゆる出来事からケイディを守るように」と指示するが、それは想像を絶する事態を招くことに…。