ナイン・シーズンの幕開けは、ついにリバース･フラッシュを倒した戦いの１週間後。再会したバリー･アレンとアイリス･ウェスト=アレンは、いつにも増して仲睦まじく過ごしていた。ところが、新たな強敵が率いる悪党の一味がセントラル･シティを襲う。フラッシュとチーム・フラッシュのケイトリン･スノー、メタヒューマンに寄り添うセシル･ホートン、光の力を操るアレグラ･ガルシア、優秀な技術者でオタクのチェスター･Ｐ･ランク、そして改心した元窃盗犯で低温の武器を駆使するマーク･ブレインらは、再び困難な戦いに挑む。しかし、悪党の一味を倒すとさらに、次なる凶悪な敵が現れてバリーのヒーローとしての功績を脅かす。そしてバリーとチーム･フラッシュはセントラル･シティを救うため、限界を超える最後の一大決戦に臨む。