Alice har brugt de seneste år på at følge i sin fars fodspor på verdenshavene. Da hun vender tilbage til London, finder hun et magisk spejl og vender tilbage til Underland og sine venner. Da hun opdager, at Hattemageren har mistet sin megethed, sender den Hvide Dronning hende ud på en mission for at finde Kronosfæren, en globus af metal, der befinder sig inde i Det Store Ur, som styrer tiden. Rejsen tilbage i tiden er en kamp mod uret for at redde Hattemageren, før tiden løber ud.