Efter tusindvis af år er Apocalypse - verdens første og stærkste mutant - vågnet op til en verden anført af menneskene. Besluttet på at rense Jorden for menneskene rekrutterer han en gruppe mutanter for at skabe en ny verdensorden. I et desperat forsøg på at redde menneskeheden går Professor X i spidsen for de unge X-Men i et episk opgør – mod en ustoppelig fjende – der vil afgøre hele verdens skæbne.