In Men in Black 3 kehren die Agenten J [Will Smith] und K [Tommy Lee Jones] zurück... zur rechten Zeit. J hat in 15 Jahren bei den Men in Black schon einige unerklärliche Dinge erlebt, doch nichts und niemand, nicht einmal Außerirdische, geben ihm so viele Rätsel auf wie sein mürrischer und maulfauler Partner. Als Ks Leben und die Erde gefährdet sind, reist Agent J in die Vergangenheit, um die Gefahr abzuwenden. J entdeckt Geheimnisse des Universums, die ihm K bisher verschwiegen hat. Geheimnisse, die er enthüllt, als er sich mit dem jungen Agent K [Josh Brolin] verbündet, um seinen Partner, die Geheimorganisation sowie die Menschheit zu retten.