Indem er Xavier tötet und böse Mutanten befreit, benutzt Magneto die wiederauferstandene Jean Grey - nun Phoenix, die mächtigste Mutantin von allen - gegen die X-Men. Während Logan Mitglieder des ursprünglichen Teams von Xavier rekrutiert und sich seiner aufkeimenden Beziehung zu Storm stellt, schlägt die Stunde von Rogue und Iceman als die Zukunft der X-Men.