In Anaconda reist ein Dokumentar-Filmteam unter Führung des Anthropologen Steven Cale (Eric Stoltz) und Regisseur Terri Flores (Jennifer Lopez) auf der Suche nach den legendären Shirishama-Indianern in die rätselhafte Welt des Amazonas. Kameramann Danny (Ice Cube) riecht Ärger, als das Team einen argwöhnischen Reisenden aufgabelt - Paul Sarone (Jon Voight), einen charismatischen Einzelgänger und "Flussmann", dessen großes Interesse an den Shirishama das Team ködert. Doch Sarones Motiv, das Team weiter den Fluss hinauf zu führen, ist seine eigene düstere Suche nach einer 12 Meter langen Anaconda. Um seinen Gegner zu finden, wird er alles und jeden opfern. Die Expedition wird zum Dschungel-Alptraum, als Sarone das Team direkt in die Fänge der Killerschlange führt und sie jedes Mittel nutzen müssen, um am Leben zu bleiben.