Ogygia
Staffel 5, Folge 1 FSK16
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Über sieben Jahre wurde Michael Scofield für tot gehalten, doch als Hinweise auftauchen, dass er doch noch am Leben sein könnte, schließen sich sein Bruder Lincoln Burrows und seine Exfrau Sara Tancredi zusammen, um der Wahrheit auf die Schliche zu kommen. Die Spuren führen Lincoln nach Jemen und auch Sucre, T-Bag und C-Note werden in die Angelegenheit mit reingezogen und müssen den größten Ausbruch aller Zeiten planen.
Kaniel Outis
Staffel 5, Folge 2 FSK16
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Michael Scofield nennt sich nun Kaniel Outis und befindet sich scheinbar nicht zufällig im Gefängnis von Ogygia, denn er soll dem ebenfalls inhaftierten ISIS-Führer Abu Ramal zur Flucht verhelfen. Um einen baldigen Ausbruch vorzubereiten, zieht Michael seine Zellengenossen zu Rate: den wilden Draufgänger Whip, den auf Drogenentzug befindlichen Koreaner Ja und Sid, der wegen seiner Homosexualität inhaftiert wurde. Sids Vater ist der Chef des örtlichen Elektrizitätswerks und damit ein wichtiger Schlüssel für den nahenden Ausbruchsversuch.
Der Lügner
Staffel 5, Folge 3 FSK16
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Michael schickt eine Nachricht an Link und C-Note mit einem Treffpunkt nach dem Ausbruch. Die beiden werden von Zweifeln geplagt, als sie von Michaels Verbindung zu Abu Ramal erfahren. Doch die Zeit drängt, denn der Bürgerkrieg rückt näher und näher. Sara wird immer noch von dem mysteriösen Pärchen verfolgt.
Das Gefangenendilemma
Staffel 5, Folge 4 FSK16
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Shebas Vater kann die offizielle Begnadigung für Michael erwirken. Sie ist allerdings wertlos, denn der Bürgerkrieg naht. T-Bag lauert Kellermann auf, um mehr über die Hintergründe zu erfahren. Doch Kellermann wird ermordet. T-Bag heftet sich an die Fersen des Killerpärchens und macht Aufnahmen von einem Treffen mit einer dritten Person. Michael nutzt die Tumulte, um gemeinsam mit Abu Ramal und seinen Zellengenossen zu fliehen.
Bauchgefühl
Staffel 5, Folge 5 FSK16
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T-Bag informiert Sara, dass ihr Mann in das Komplott verwickelt ist. Sara konfrontiert Jacob damit, er schafft es aber, sich herauszureden. Abu Ramal wird vom Volk betrauert, seine Mörder stehen auf der Todesliste. Michael und seine Leute müssen um jeden Preis aus dem Land gelangen, da sie von der ISIS gejagt werden.
Phaecia
Staffel 5, Folge 6 FSK16
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Michael, Lincoln, Whip und Ja sitzen im Jemen fest und überlegen, auf welchem Weg sie außer Landes kommen. Die einzige Option, die sie noch haben, ist Shebas Kontakt Omar. Der macht sich gerade auf den Weg nach Phaecia, einem kleinen Küstenort. Zunächst versucht Omar, sich abzusetzen, indem er sie einen Hinterhalt lockt. Michael und seine Leute können aber der Falle entkommen und Omar zwingen, sie nach Phaecia zu bringen.
Weindunkles Meer
Staffel 5, Folge 7 FSK16
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Michael kämpft weiterhin in Phaeacia mit den Folgen einer Vergiftung. Ein kleines Schiff soll die die Gruppe nach Griechenland schmuggeln, doch ein verschwiegener Arzt dürfte, aufgrund der weltweiten Fahndung, schwer zu finden sein. Daher greift Lincoln nach einem letzten Strohhalm und ruft Sara an.
Nachkommen
Staffel 5, Folge 8 FSK16
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Kyle muss sich den Geheimnissen hinter seinen Kräften stellen. Reverend Anderson tritt endlich Sidney gegenüber, während Doktor Parks Pläne enorme Ausmaße annehmen. Derweil findet Megan einen Freund, der sich als ziemlich gefährlich erweist. Chief Giles versucht, sich und seine Frau gegen die Flut an Besessenen in Rome zu verteidigen.
Hinter den Augen
Staffel 5, Folge 9 FSK16
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Sara wird im Keller des Seehauses festgehalten. Jacob erklärt ihr seine Motive und sagt, dass er sie immer noch liebt. Doch als sie ihn mit den Komplott-Vorwürfen konfrontiert, rastet er aus und trägt Van Gogh auf, die Sache zu beenden.