Die Abteilung der “X-Akten” wurde geschlossen und Mulder und Scully voneinander getrennt. Scully unterrichtet Schüler in der FBI-Academy in Quantico, während Mulder für Observierungen abgestellt wird. Dabei hat er in Alex Krycek einen neuen Partner und das mysteriöse X ist seine neue Informationsquelle. Daher fällt es ihm schwer die Suche nach der Wahrheit am Leben zu erhalten. Ironischerweise erfährt Scully die Begegnung der dritten Art, die sich Mulder so sehnlich gewünscht hat. Dies führt die beiden Agenten auf eine Reise, die sie noch enger zusammenschweißt als zuvor.