Die Dunkelheit verbreitet sich in GOTHAM, als immer mehr Superschurken eingeführt und die Allianzen in Gotham City neu geordnet werden. Mit Detektiven Jim Gordon und Harvey Bullock an vorderster Front des Kampfs gegen das Verbrechen beginnt der moralische Kompass von Gordon in der 2. Staffel zu schwanken, als er sich den gefährlichsten Kriminellen von Gotham entgegen stellt. Gleichzeitig versucht er weiterhin, das Vertrauen des jungen Bruce Wayne zu gewinnen. Bruce hat die Geheimnisse seines Vaters gelöst und sich auf den Weg begeben, der ihn zu dem Mann machen wird, zu dem ihn das Schicksal erkoren hat. In dem legendären Revierkampf am Ende der 1. Staffel hatte sich der Penguin die Macht in Gothams Unterwelt erkämpft. In der 2. Staffel verfolgt GOTHAM die Entwicklung von Edward Nygma/The Riddler und Selina Kyle/der künftigen Catwoman. Es werden auch die Ursprünge von Joker und von Mr. Freeze eruiert.