Más de doscientos años después de su muerte, Ripley (Sigourney Weaver) es resucitada empleando técnicas avanzadas de clonación. Pero el ADN de Ripley se ha mezclado con el de la Reina Alien durante el proceso, por lo que los científicos pretenden recrearla también. Ripley comienza entonces a desarrollar ciertas características del peligroso alienígena.