La fluctuación del abrelatas eléctrico
Temporada 3, episodio 1 Sin clasificar
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Después que regresan a casa de una expedición de tres meses en el Polo Norte, Sheldon descubre de Howard y Raj que los chicos han manipulado su experimento porque Sheldon era absolutamente insoportable cuando él no tenía los resultados que quería (planes para matarlo fueron discutidos). Le contaron sobre su uso de un abridor de latas manual para dar a Sheldon resultados positivos, haciendo creer a Sheldon que había realizado un descubrimiento de un Premio Nobel. Desafortunadamente, Sheldon había enviado un mail a todos en Caltech sobre su descubrimiento antes de que Howard y Raj le dijeran lo que había ocurrido. Sheldon es tan desgraciado que se resigna y se muda con su madre (interpretada por Laurie Metcalf), quién vive en el este de Texas. La señora Cooper llama a Leonard y les dice que deberían hablar con Sheldon.
La conjetura de Jiminy
Temporada 3, episodio 2 Sin clasificar
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Leonard y Penny luchan para recuperarse de su relación y tratan de entender como superar su problema actual. Una noche romántica entre la pareja pronto se convierte en una noche llena de enfermedades borrachas. El día siguiente Penny habla con Sheldon con respecto a su problema con Leonard y Sheldon señala que sí las cosas no resultaran, siempre pueden regresar a ser como amigos. Después de que Sheldon le dice a Leonard que él habló con Penny sobre sus problemas, Leonard va al apartamento de Penny, allí, Penny le dice a Leonard que ser amigos es mucho más simple y que sacaría la presión, algo que Leonard se pone de acuerdo también. Deciden regresar como amigos, sin embargo es claro que ninguno de los dos quiere eso y pronto se rinden en su atracción. Mientras tanto, Sheldon y Howard juegan con sus cómics más valiosos ("Flash of Two Worlds" de Sheldon contra Fantastic Four #48 de Howard) en una apuesta para determinas la especia de un grillo.
La desviación Gothowitz
Temporada 3, episodio 3 Sin clasificar
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Después de un encuentro sexual que resulta en romper la cama de Penny, Penny y Leonard terminan durmiendo en la habitación de Leonard, para gran consternación de Sheldon. Penny luego hace tostadas para el desayuno, que no cumple con el horario semanal de Sheldon (es día de avena). Durante el episodio, Sheldon trata de mejorar a Penny usando chocolate, gratificándola por lo que él considera ser una conducta correcta, como en el condicionamiento operante con ratas de laboratorio, pese a la oposición de Leonard. Howard y Raj salen a un club gótico y conocen a dos chicas. Después de que ellos dicen que prefieren ir "a algún lugar y divertirse" los cuatro terminan en una tienda de tatuajes, lo que hace que Raj y Howard revelen como son en realidad y admiten no ser góticos, perdiendo su oportunidad con las chicas en lugar de tener tatuajes.
La solución pirata
Temporada 3, episodio 4 Sin clasificar
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Raj debe encontrar un nuevo trabajo o será enviado a India. Sheldon tiene una solución, que consiste en permitir a Raj a trabajar "para" él, en lugar de trabajar "con" él. Raj acepta a regañadientes la oferta. Con Raj trabajando para Sheldon, hace que Howard esté solo, así que trata de quedarse con Leonard y Penny (incluso haciéndoles el desayuno), pero prefieren estar solos. Sheldon y Raj pronto desacuerdan en cómo resolver un problema relacionado con el trabajo y Raj se va. Sheldon pronto se disculpa al final del episodio y él acepta que Raj tenía razón, pero no reconoce que él estuvo mal.
El corolario del horrible recubrimiento de caramelo
Temporada 3, episodio 5 Sin clasificar
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Sheldon entra a un concurso de tarjetas de comercia cuando él escucha a Wil Wheaton, para el que alberga el resentimiento por no asistir a una convención de ciencia ficción, que también participa. Con Raj como su compañero, llegan al final contra Sturat y Wil Wheaton. Sheldon podría haber ganado, pero Wil le dijo cómo él no fue a la convención debido a su abuela moribunda, que fue una artimaña para que Sheldon dejara ganar a Wil. Ahora Sheldon está aún más resentido con Wil. Mientras tanto, Leonard con mala gana acepta cumplir una promesa que hizo a principios de año con Wolowitz, y le pide a Penny para hacer una cita con una de sus amigas con Howard. Lo hace y van a una doble cita, pero Howard y Bernadette (Melissa Rauch) no tienen nada en común hasta que descubren los problemas de cada uno con sus madres.
El vórtice de la mazorca de maíz
Temporada 3, episodio 6 Sin clasificar
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Sheldon le enseña a Leonard en como entender fútbol, que es popular en Texas donde él creció, así puede encajar con los amigos de Penny. Durante el juego, Leonard trata de demostrar lo que ha aprendido, pero sus explicaciones son muy clínicas, y falla en encajar. Mientras tanto, Raj pierde su cometa con Sheldon en una lucha de cometas porque Howard lo abandona en un momento crítico para perseguir a una chica. Howard se lo recompensa pasando una tarde de sábado con Raj en La Brea Tar Pits.
La amplificación guitarrista
Temporada 3, episodio 7 Sin clasificar
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Una discusión entre Leonard y Penny resulta "inconveniente" a Sheldon. Nos enteramos que los padres de Sheldon discutían demasiado cuando él era un niño, y no le gusta escuchar a las personas discutir. Penny invita a un antiguo amante (un guitarrista) para que se quede en su casa sin hablar con Leonard previamente, lo que hace que Leonard se enoje sobre ello, enfrentando a Penny de una forma que hizo que ella se enojara. Todos los demás también estaban discutiendo: Raj y Howard, Raj y sus padres, y Howard y su madre. Sheldon incluso fue a Chessecake Factory para tratar de hablar con Penny para que se disculpara con Leonard así él podía seguir con su vida. Al final del show, el amigo de Penny es visto dormir en el sofá de Sheldon mientras que Penny y Leonard están en la cama juntos en su apartamento.
La deficiencia del pato adhesivo
Temporada 3, episodio 8 Sin clasificar
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Leonard está con Raj y Howard en un campamento para ver la lluvia de Meteoros Leonid, pero los tres sucumben con galletas "mágicas" que recibieron de los campistas cercanos. La hilaridad se produce mientras que sus mentes se expanden. De regreso a casa, Sheldon investiga gritos desde el otro lado de la sala: Penny se ha resbalado de la ducha y se disloca su hombro. Sheldon se alista para llevarla al hospital. Penny no está vestida (todavía) así que no puede conducir su auto. Sheldon todavía no sabe conducir un auto real y su simulación de conductor fue un desastre. El viaje al hospital es lento y Sheldon empuja la rabia de Penny cada vez más, pero llegan bien y, al final del episodio, Penny (bajo la influencia de los analgésicos fuertes) está bastante feliz con la ayuda de Sheldon. Ella le pide que cante la canción "Soft Kitty" con ella.
La fórmula de la venganza
Temporada 3, episodio 9 Sin clasificar
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La nueva novia de Wolowitz, Bernadette, le pregunta adónde se dirige su relación después de su tercera cita. Él la evita por una semana, pensando sí debía "restablecerse" con ella o esperar por lo imposible (Megan Fox de Transformers estaría interesada en él). Después de un sueño en su tina incluyendo una tarde romántica con Katee Sackhoff, decide que debe seguir con la realidad. Le propone casamiento a Bernadette en Cheesecake Factory, lo rechaza, y luego le canta su versión de la canción "Bernadette" (por Four Tops), con el fin de ganar sus afectos, que se convierte en éxito cuando ella dice que es la cosa más romántica que han hecho por ella. Mientras tanto, Barry Kripke gravemente avergüenza a Sheldon en el programa de Radio Pública Nacional "Science Friday" llenando la oficina de Sheldon con helio para que su voz sea más aguda que de costumbre.
El experimento: Gorila
Temporada 3, episodio 10 Sin clasificar
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Bernadette, en el apartamento de los chicos en una cena, muestra interés en los físicos, particularmente en el trabajo que Leonard está haciendo. Leonard le ofrece la oportunidad de visitar su laboratorio y verlo hacer el experimento. Wolowitz se pone celoso y acusa a Leonard de estar interesado en Bernadette. Leonard le manda un mensaje a Bernadette donde le dice que Wolowitz está celoso y que sería buena idea cancelar la visita al laboratorio. Bernadette recibe el mensaje de texto antes de hacer el amor con Wolowitz, se pone furiosa y no lo logran terminar. Al día siguiente, Howard enfrenta a Leonard en su laboratorio. Bernadette luego llega al laboratorio de Leonard para verlo realizar un experimento, momento en que Howard se disculpa, se besan y se reconcilian. El interés de Bernadette en el trabajo de Leonard hace a Penny celosa que no tiene suficientes antecedentes en física para hablar con Leonard sobre su trabajo.
La congruencia materna
Temporada 3, episodio 11 Sin clasificar
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La madre de Leonard va a visitarlos por Navidad, y este se preocupa porque no le dijo sobre su relación con Penny. Leonard se entera que su madre y su padre se iban a divorciar puesto que su padre la había engañado, además de enterarse que su mascota había muerto y que ella se había operado, quejándose de que el es el último en enterarse de todo y Sheldon el que lo sabe. Penny lleva a Beverly al hotel con su auto, y terminan yendo a tomar unos tragos, por lo cual ambas se emborrachan, especialmente Beverly. Ella se disculpa con Leonard de no haberle dicho las noticias, y aún ebria besa a Sheldon. En el final ella se disculpa con Sheldon y le dice a Leonard que Penny le cayó bien.
El vórtice psíquico
Temporada 3, episodio 12 Sin clasificar
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Raj está solo mientras Howard y Leonard tienen novia y este tendrá que recurrir a Sheldon. Mientras Leonard se burla de Penny en la cita por que ella cree en los psíquicos a lo cual Penny reacciona con enojo y Leonard busca como contentarse.
La reacción de Bozeman
Temporada 3, episodio 13 Sin clasificar
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Cuando roban el apartamento Sheldon se espanta y no puede dormir en las noches así que molesta a Leonard y Penny, por lo cual Leonard decide instalar un sistema de seguridad con ayuda de Howard y esa misma noche Sheldon queda atrapado por una red electrificada del sistema de seguridad y entonces decide mudarse de ciudad.
La aproximación de Einstein
Temporada 3, episodio 14 Sin clasificar
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Sheldon se encuentra con un problema en su investigación científica así que decide no descansar hasta encontrar la solución a este problema, decide tratar de solucionarlo de diferentes formas hasta que decide aplicar un método utilizado por Einstein de trabajar en un lugar sin importancia y así es como llega a trabajar al restaurante de Penny y ahí descubre la solución de su problemática científica. Mientras tanto Raj se pelea con Howard sobre que ya no hace cosas con el sino con su novia, Bernadette.
La colisión de hadrones
Temporada 3, episodio 15 Sin clasificar
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Leonard es elegido para viajar a Suiza a ver el supercolisionador y al decírselo a sus amigos Sheldon cree que lo llevara a el cuando el piensa llevar a Penny como regalo de día de San Valentín, así que al decírselo a Sheldon este se enoja y hace todo lo posible para ir.
La adquisición Excelsior
Temporada 3, episodio 16 Sin clasificar
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Sheldon, Leonard, Raj y Howard descubren que Stan Lee ira a la tienda de cómics así que se preparan para decidir que cómic les firmara Sheldon descubre que tiene una multa de transito por pasarse un alto el día que tuvo que llevar a Penny al hospital, (esta había recibido la multa inicialmente, pero culpo a Sheldon) así que Sheldon tiene que ir a la corte mientras sus amigos irán a conocer a Stan Lee.
La fragmentación preciosa
Temporada 3, episodio 17 Sin clasificar
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Los chicos encuentran un anillo original del señor de los anillos en una caja que compraron y esto provoca una pelea entre los cuatro puesto que Sheldon quería conservarlo y atesorarlo, Raj quería venderlo y comprar un jet ski, Leonard quería devolverlo y Howard quería
La alternativa de los pantalones
Temporada 3, episodio 18 Sin clasificar
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Sheldon tiene pánico escénico debido a que recibirá un premio y para recibirlo tendrá que dar un discurso frente a varias personas lo cual lo hace querer rechazar el premio, pero por consejo de sus amigos decide con el apoyo de ellos tratar de superar su miedo de hablar en publico.
La recurrencia de Wheaton
Temporada 3, episodio 19 Sin clasificar
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Después de Leonard dijera un "te amo" prematuro a Penny ella no sabe si la relación debe continuar o no y mientras tanto Sheldon es invitado a jugar bolos contra Stuart y su amigo Will Wheaton el odiado rival de Sheldon.
El catalizador de spaghetti
Temporada 3, episodio 20 Sin clasificar
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Después de que Penny y Leonard rompieran Sheldon no sabe si podrá ser amigo de Penny, pues como es usual desconoce el protocolo social a seguir, Sheldon se alegra de continuar con la amistad dado que como él mismo lo expresa "fue bastante trabajo acomodarla en su vida y odiaría que todo este trabajo hubiera sido en vano", esa misma noche Sheldon y Penny cenan juntos espagueti. En la noche, Sheldon sufre una tensión emocional producida por un sentimiento de que le imposibilita dormir, así que confiesa a Leonard que esta viendo a Penny a sus espaldas.
La estimulación Plimpton
Temporada 3, episodio 21 Sin clasificar
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Sheldon invita a la doctora Elizabeth Plimton a dormir en su departamento, y descubren que ella es una pervertida y tiene sexo con Leonard, Penny se alegra por el por que se esta reponiendo pronto de su ruptura, después la doctora Elizabeth Plimton va con Raj para tener sexo y también llega Howard que interrumpe a Raj y le dice que termino con Bernadette, después el corre a Leonard y a Howard para estar a solas con la doctora Plimton.
La aplicación de la escalera
Temporada 3, episodio 22 Sin clasificar
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Después de una pelea con su compañero, Leonard narra a Penny el día en que llegó al departamento con Sheldon.
La excitación lunar
Temporada 3, episodio 23 Sin clasificar
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Los chicos preparan un experimento en el techo del edificio para hacer rebotar un láser en la Luna y de regreso a la Tierra. Leonard piensa que Penny podría disfrutarlo, así que va a buscarla, y descubre que ella tiene compañía. Penny y su cita los acompañan a la azotea para observar el experimento. Sin embargo, en el curso de hacerlo, la cita de Penny se muestra a sí mismo como extraordinariamente débil. Más tarde, ésa noche, Penny se emborracha y duerme con Leonard, pero se da cuenta que fue un error a la mañana siguiente. Leonard le va a preguntar a Leslie Winkle lo mismo, pero es rechazado. Después de emborracharse. Leonard visita a Penny le pide para dormir con ella, que ella enojadamente disminuye, dejando a Leonard confundido. Mientras tanto, Howard y Raj presentan un perfil de citas en una página web para Sheldon que sorprendentemente tiene resultados. Sheldon cree que los sitios de citas son "una paparrucha" y se niega a conocer a la mujer que el sitio le encontró.