FALLING SKIES alkaa muukalaisten hyökkäysten kaoottisissa jälkimainingeissa. Suurin osa maailmasta on täysin lamautunut. Puoli vuotta hyökkäyksen alkamisen jälkeen muutamat eloonjääneet ovat liittyneet yhteen suurten kaupunkien ulkopuolelle aloittaakseen vaikean vastarinnan. Jokainen päivä on eloonjäämiskamppailu näille kansalaisista koostuville sotilaille, jotka vastustavat salaperäisiä muukalaisia. Valtavan muukalaisten hyökkäyksen harvat eloonjääneet joutuvat selvittämään yhä suurempaa mysteeriä, kun FALLING SKIES palaa toisella kaudellaan salaperäisten uusien olentojen myötä. On kulunut kolme kuukautta siitä, kun entinen collegen professori, kolmen lapsen isä ja siviilivastarintaryhmän yllättävä johtaja Tom Mason (Noah Wyle) meni omasta tahdostaan muukalaisten mukaan yhdelle heidän aluksistaan vapauttaakseen poikansa ja selvittääkseen vihollisen suunnitelmat. Kukaan ei ole nähnyt häntä tai kuullut hänestä sen jälkeen, ja hänen poissaolonsa on vaatinut veronsa hänen pojiltaan.