Après des milliers d'années, Apocalypse, premier mutant de l'histoire et mutant le plus puissant du monde, a découvert à son réveil un monde dirigé par les humains. Décidé à purger la Terre de l'humanité, il recrute un groupe de mutants pour créer un nouvel ordre mondial. Le Professeur X emmène les jeunes X-Men vers une épreuve homérique contre un ennemi invincible qui déterminera la destinée du monde.