Peter Parker (Tobey Maguire) a enfin la fille de ses rêves, Mary Jane Watson (Kirsten Dunst), et la ville de New York est sous le charme de la Spider-manie! Mais lorsqu’une étrange substance extraterrestre change le costume de Spider-Man en noir, son côté obscur fait surface – métamorphosant complètement Spider-Man. Spider-Man devra livrer le combat de sa vie contre la confrérie meurtrière de méchants – L’Homme-Sable (Thomas Haden Church), Venom (Topher Grace) et le Nouveau Bouffon (James Franco) – et l’ennemi qui l’habite.