Après le naufrage mystérieux d'un sous-marin nucléaire à un endroit reculé du plancher océanique, une équipe de plongeurs d'une base de forage pétrolière expérimentale sont réquisitionnés par la marine américaine pour une opération de sauvetage. Quand un ouragan coupe tout contact entre la surface et les profondeurs, l'équipage commence à voir des signes d'une intelligence étrange et peut-être extraterrestre. Tandis que le chef Bud Brigman (Ed Harris) se dispute avec son ex-femme et patronne (Mary Elizabeth Mastrantonio), le commandant de la marine devient de plus en plus paranoïaque au sujet de cette mystérieuse vie extraterrestre et menace de tout détruire avec une arme nucléaire récupérée.