Dans un monde abyssal du futur, où les humains ont abandonné la Terre et où les océans débordent, Deep, une pieuvre dumbo téméraire, la dernière de son espèce, et ses deux meilleurs amis, Evo, un poisson-pêcheur ringard et maladroit, et Alice, une crevette de haute mer névrosée, continuent de prospérer dans les profondeurs de l'océan. Contraints de trouver une nouvelle maison, ils vont affronter de redoutables ennemis et vivre des situations hilarantes au cours de leur mission.