En 2029, le monde est interconnecté dans un vaste réseau électronique qui s’infiltre dans tous les aspects de la vie. Ce réseau est aussi le champ d’action de la section d’élite anti-criminelle Section 9, qui est chargée d’appréhender un puissant hacker connu sous le nom du Marionnettiste. L’enquête est menée par le Major Motoko Kusanagi qui, comme beaucoup dans son service, est un officier cyborg bien plus puissant que son apparence le laisserait imaginer. Le Marionnettiste qui est capable de hacker l’esprit humain, laisse derrière lui une série de victimes dont la mémoire a été volée. Motoko commence alors à réfléchir à sa propre existence : est-elle simplement un produit artificiel ou y a-t-il autre chose ? Qu’est-ce qui définit son « ghost », son âme, dans sa « coquille » cybernétique ?