Lorsque leur amie journaliste est projetée accidentellement dans le Japon du 17e siècle après avoir manipulé un sceptre magique, la bande de supers batraciens s’empresse de partir à sa rescousse. Mais pour rentrer à notre époque, ils ont besoin du sceptre et doivent affronter le terrible seigneur Norinaga et ses sbires... Les Tortues Ninja sont de retour dans leur troisième aventure cinématographique.