Des individus avec des capacités neurologiques hors du commun, les Alphas, sont recrutés par une section secrète du gouvernement afin d'œuvrer pour le bien-être de la société et arrêter les Alphas mal intentionnés… Leur principal ennemi est le groupe terroriste Red Flag qui milite pour la reconnaissance et l'indépendance des Alphas. Il utilise le meurtre et les assassinats pour arriver à leur fin.