L’obscurité envahit GOTHAM, où des super-méchants encore plus ambitieux et dépravés font leur entrée, et où les alliances se défont et se refont dans la lutte pour le pouvoir. Les détectives Jim Gordon et Harvey Bullock mènent la charge contre le crime dans une ville dangereusement corrompue, pour une saison 2 marquée par les tiraillements de conscience de Gordon face aux pires criminels de Gotham. Il n’en continue pas moins à rechercher la confiance du jeune Bruce Wayne, dont le destin ne fait plus de doute maintenant qu’il a découvert les secrets les mieux gardés de son père. La guerre territoriale qui a conclu la première saison a permis au Pingouin de s’installer à la tête de la pègre de Gotham. La Saison 2 de GOTHAM suit en parallèle l’évolution d’Edward Nygma/le Sphinx, et de Selina Kyle/la future Catwoman, et observe les origines de nouveaux méchants comme le Joker et Mr. Freeze.