À peine revenus de leur mission de Suna, Naruto et Sakura accompagnés cette fois de Yamato et de Sai, partent à la rencontre de l’espion de Sasori. Ce dernier n'est autre que Kabuto. Mais une autre surprise les attend : la présence d’Orochimaru. Un combat titanesque s’engage alors entre Naruto et lui. Il se solde par l’intervention de Yamato et la retraite d’Orichimaru suivi mystérieusement par Sai. Grâce à son clone, Yamato, et son équipe parviennent à les suivre jusqu'à tomber sur Sasuke ... quelle sera l’issue de ces retrouvailles tant attendues ?