Suite au suspense de la finale de la saison deux, la saison trois de Defiance s'ouvre à la veille d'un siège militaire imminent sur la ville, qui traverse une période difficile après l'écroulement de ses mines lucratives. Outre leur sort incertain, les villageois vont gérer de nouvelles menaces avec l'arrivée surprise des mystérieux Omec, une race extraterrestre de guerriers, quasi exterminée par les décennies d'assujettissement qu'ils ont imposées à la galaxie dans les années antérieures aux Guerres pâles.