Les tortues les plus cools de New-York sont de retour dans la saison 3 des « Tortues Ninja ». Et la tension est à son comble pour les quatre frères dans cette nouvelle saison. En effet Léo est toujours grièvement blessé après son combat contre les Krangs. Pour ne rien arranger, des mutants kidnappent Raphael. Mikey et Donnie vont devoir se tirer de ce mauvais pas à deux. Plus tard, ils découvrent un refuge de Krang enterré sous la maison d’April. A l’intérieur s’y trouve...la mère d’April ! Mais celle-ci est-elle vraiment ce qu’elle prétend être ? Enfin Mikey décide de s’isoler un peu du groupe. Dans les bois, il se lie d’amitié avec une grenouille mutante. Mais lorsqu’il apprend que cette dernière et toute sa famille prévoient d’envahir le monde, il va tout mettre en œuvre pour les arrêter avant qu’il ne soit trop tard.