Ayant le sentiment que l’avenir ne lui offrira rien de semblable au passé, l’Amiral James T. Kirk commence à croire que parcourir l’espace n’est plus de son âge. Lors d’une inspection de routine de l’U.S.S. Enterprise, la carrière de Kirk prend une nouvelle tournure lorsque son ennemi juré refait surface : Khan Noonien Singh, le conquérant génétiquement modifi é de la fin du XXème siècle sur Terre. S’étant échappé de sa prison oubliée, Khan veut s’emparer d’un dispositif ultrasecret, le projet Genesis, et détruire Kirk.