Dopo che un sottomarino nucleare affonda misteriosamente in una parte remota del fondo dell'oceano, una squadra di sommozzatori su un prototipo di piattaforma petrolifera subacquea viene messa in servizio dalla Marina degli Stati Uniti in un tentativo di salvataggio. Quando un uragano interrompe il contatto tra la superficie e le profondità marine, l'equipe comincia a vedere i segni di una strana intelligenza, forse aliena. Mentre il capo Bud Brigman (Ed Harris) litiga con l'ex moglie e capo (Mary Elizabeth Mastrantonio), il comandante della Marina diventa sempre più paranoico sulla misteriosa vita aliena e minaccia di usare un'arma nucleare recuperata per distruggere tutto.