3つのクリスタルを人間に渡してはならない。それらを集め、一つにしなければ、地球は滅亡してしまう…。実父ジョー-エルから告げられたこの事実で、人類の未来が自分にかかっていることを知ったクラーク。そして、再び隕石群が飛来。隕石の一つは、ジョナサンとマーサがいた母屋に命中し、ラナの乗ったヘリも隕石に衝突し、墜落してしまう。そんな中、ようやく3 つのクリスタルを集めたクラークが洞窟でそれをはめ込むと、3つのクリスタルは一つとなり、マザー・クリスタルへと変化。周囲に光があふれ出す。そして、マザー・クリスタルを掴んだクラークは、クロエも巻き込み、突然遠く離れた北極へとワープする…。