シュレックがおとぎの国で愛をかけた大冒険の第二弾! 新たに長ぐつをはいたネコも仲間に加えて、心やさしい緑色の怪物シュレックとピノキオや3匹のこぶたなど、おとぎの国の登場人物たちのさらなる大冒険がはじまる! 新婚のシュレックとフィオナ姫は、姫の両親の招きで姫の故郷、遠い遠い国のお城へ。 ところが、姫の父親のハロルド国王は、娘の結婚相手が怪物でびっくり! 愛くるしい長ぐつをはいたネコを刺客に雇う。 また、妖精のゴッドマザーは、息子のチャーミング王子を姫と結婚させようと、よからぬことを企んでいる。 一方、シュレックはフィオナ姫のために魔法の薬で人間に変身することを決意。