ある国際線旅客機がボストンのローガン国際空港に到着した。機内からは生体反応はない。FBI捜査官のオリビア･ダナムは、組織間の連絡担当として、捜査に加わった。しかし、捜査中に相棒のジョン･スコット捜査官が瀕死の重傷を負ってしまう。必死の思いで、救い主となる人物を探したオリビアは、アインシュタインの後継者というべき人物、ウォルター･ビショップ博士にたどり着く。だが、博士は17年間施設に収容されており、唯一の連絡手段は疎遠になっていた息子、ピーターに協力を仰ぐことだった。やがて、捜査線上に浮かんだのは500億ドル規模の大企業、マッシブ･ダイナミック社。そして、死のフライトで起きたことは、巨大で衝撃的な真実の氷山の一角に過ぎなかった。