衝撃のシーズン３では、ロビンとして壮絶な最期を遂げたジェイソン･トッドが、レッドフードとして復活しゴッサムに戻り、古巣であるタイタンズに猛攻撃をかける。一方、元バットガールで、現在はゴッサム市警本部長であるバーバラ･ゴードンは、ゴッサムに現れたタイタンズに対し慎重な態度を取る。しかし過去にディック･グレイソンと関係のあった彼女は、結果としてタイタンズを受け入れ、レッドフードの捜査に協力させることにする。さらに捜査に力を貸すのは、かつてのスーパーヴィランで、今はアーカム･アサイラムの受刑者であるジョナサン･クレイン博士だ。