ある日、自分が受け継いでいた特殊な能力に目覚めてしまった10代の少女ゾーイは、親許を離れてニューオーリンズにある寄宿学校「ミス･ロビショーズ･アカデミー」に身を寄せることに。そこでは、かつて魔女狩りを逃れた者たちの末裔である少女たちが、その血を絶やさぬよう、自らの身を守っていく術を学んでいた。 そんな中、魔女のトップとして君臨する最高位“スプリーム”のフィオナが、旅先から帰宅。少女たちに魔女としての厳しい心得を施していくが、やがて様々な怪奇現象が発生していき…。次々と浮かび上がっていく、魔女たちにまつわる不思議な事件や忌まわしい過去。さらには、次のスプリームの座を巡り、魔女たちの壮絶な争いも始まり…。