バウンティ・ハンターの予言めいた言葉が影を落とすこのシーズンは、ミスターXがショッキングなかたちで姿を消すところから始まる。クライチェックの復活や地球外生命体ﾒ黒色虫ﾓの出現といった事件にスカリーの病気という深刻な事態が追い打ちをかける。そしてマックス・フェニングの悲劇的な再登場は、仲間のFBI捜査官の死につながる。一連の事件を目の当たりにして、モルダーが陰謀の広がりをさらに強く確信する一方、スカリーに明かされた驚愕の真実が信念を揺るがせ、彼を破滅へ追いこもうとする——。