ラクーンシティでの惨劇から数年後、Ｔ−ウイルスの感染は世界中へ広がり、人類はアンデッドへ、地上世界は砂漠へと化していた。さらにアンブレラ社では"アリス計画"が始動し、アリスのクローン実験が繰り返されていく、そんな中、独り世界を彷徨うアリスは、離れ離れになっていたカルロスたちと再会、そしてクレアと彼女が率いる武装集団も新たな仲間に加わり、燃料や食料を確保するため荒涼のラスベガスへ向かうのだが・・・。