沖合にぽつんと浮かぶ人口の島、“小さな楽園(リトル・ハッピー)”。その恵み豊かな島では、エマ・コリンズ博士率いる研究チームが、繁殖にやってくるホホジロザメの生態を観察していた。そんな平穏な風景にも、エマの元ボーイフレンドの登場によって変化が訪れる。彼が追っていたのは３匹の人喰いオオメジロザメ。しかも、ただのサメではない。産みの親であるベラは遺伝子操作によって高い知能を得た、きわめて危険なサメだったのだ。犠牲者は次々に増え、ベラの子供たちもまた、母親から殺しの遺伝子を受け継いでいることは明らか。万が一にも産卵に成功してしまったら、我々が知るこの日常も終わりを迎えるかもしれない。シリーズ最大の恐怖とともに帰ってきた、待望の「ディープ・ブルー」第3弾！