スーパーマン史上、最大の戦いを描く傑作グラフィックノベルが、遂にアニメーション映画で登場！謎の小惑星が大気圏に突入し、海に激突。そこから現れたのは破壊衝動に駆られた、恐るべき力を持つ怪物だった。ドゥームズデイ(最後の審判の日)と名付けられたその怪物によってメトロポリスが襲われ、罪なき市民の命がおびやかされる中、この制御不能な脅威に立ち向かうため、バットマン、ワンダーウーマンをはじめとするジャスティス・リーグのメンバーが集結する。だがそんな彼らですらまるで歯が立たない今、メトロポリスの、さらには地球の命運は、スーパーマンとドゥームズデイとの最終決戦に委ねられた！