"Eileen" er basert på boka av samme navn av den kjente forfatteren Ottessa Moshfegh. Den følger en særpreget ung kvinne med et liv der elendigheten aldri virker å ta slutt. I et kaldt Boston på 1960-tallet veksler Eileen (Thomasin McKenzie) mellom sin fars lurvete, følelsesmessig hjemsøkte hus og fengselet der hun jobber sammen med kolleger som har frosset henne ut. Når en henrivende kvinne (Anne Hathaway) begynner å jobbe i fengselet, blir Eileen bergtatt. Akkurat idet muligheten for et frelsende vennskap (eller kanskje mer) griper tak i henne og danner et lyspunkt i Eileens mørke, vikler den nye vennen henne inn i en sjokkerende forbrytelse som endrer alt.