Justice League står overfor deres største trussel noensinne når et team med superskurker oppdager Den mørke ridders "beredskapsplaner" for å stoppe opprørske Justice League-medlemmer og får vite de hemmelige svake punktene til hver av superheltene. Dermed blir det en kamp for å overleve når beredskapsplanene trer i kraft mot alle medlemmene av Justice League! Justice League: Doom byr på stemmene til bl.a. Nathan Fillion og Tim Daly og er basert på Mark Waids mye omtalte JLA: Tower of Babel.