Malefika viser den ufortalte historien om Disneys mest ikoniske skurk fra den klassiske Tornerose, og årsakene til hennes forræderi som til slutt gjør hjertet hennes til stein. Drevet av hevn og et brennende begjær etter å beskytte landet hun hersker over, kaster Malefika i ren ondskap en ugjenkallelig forbannelse over kongens nyfødte barn Aurora. Mens barnet vokser opp, blir Aurora fanget i midten av den sydende konflikten mellom skogsriket hun har lært seg å elske, og menneskeriket som holder arven hennes. Malefika forstår at Aurora kan være nøkkelen til fred i landet, og blir tvunget til å bruke drastiske midler som vil forandre begge verdene for alltid.