FALLING SKIES åpner i kaoset etter et utenomjordisk angrep som har satt mesteparten av verden helt ut av spill. I de seks månedene etter den første invasjonen har de få overlevende slått seg sammen utenfor storbyene for å begynne den vanskelige oppgaven med å slå tilbake. Hver dag er en overlevelsestest idet befolkningssoldatene prøver å beskytte folket samtidig som de deltar i en opprørskampanje mot den fremmede okkupasjonsmakten, hvis natur og formål er et mysterium. Mysteriet blir enda større for de overlevende etter den enorme utenomjordiske invasjonen idet FALLING SKIES vender tilbake i sin andre sesong med mystisk nye vesener. Tre måneder har gått siden tidligere collegeprofessor, far til tre, og usannsynlig leder for den sivile motstanden, Tom Mason (Noah Wyle) ble med de utenomjordiske på et av deres skip for å finne ut av deres planer og redde sin sønn. Ingen har sett eller hørt noe fra ham på denne tiden, og fraværet har satt sine spor i sønnene hans.